Tripos力场中的原子类型
C.3 sp3杂化的碳………………
相空间
2008-04-10
rosetta的PDB文件
$rosetta_scripts/pdb_scripts是一个处理PDB文件的脚本，可以用来生成rosetta需要的PDB文件结构。pdb_scripts.README是使用说明。
1. 较大的蛋白要放在PDB文件的前部，这是因为在计算中Rosetta只会移动第二个蛋白，而第一个蛋白是固定不动的，把大的蛋白放在前面就可以节省计算时间。extractChains.pl这个脚本就可以做这件事。extractChains.pl A(链编号) 1brs.pdb(pdb文件名)
2. 区分对接双方的是TER，在整个PDB文件结束后也要有个TER，除此之外就不要再有TER了，即便是两条独立的肽链之间也不能有TER。这与一般的PDB文件是不同的，在一般的PDB文件中，TER只是用来隔离不同的肽链。如果把TER弄错了，计算中就会出错。extractChains.pl也可以解决TER的问题。
3. 如果需要的话，用Swiss PDB viewer之类的软件调整一下对接双方的位置。
4. 最后一点，rosetta用的PDB文件名称必须是四个字符组成的，也就是标准的PDB code的形式。如果使用了不符合要求的文件名的话，可能会产生出一些路径方面的错误，这种错误往往很难溯源。
1. 较大的蛋白要放在PDB文件的前部，这是因为在计算中Rosetta只会移动第二个蛋白，而第一个蛋白是固定不动的，把大的蛋白放在前面就可以节省计算时间。extractChains.pl这个脚本就可以做这件事。extractChains.pl A(链编号) 1brs.pdb(pdb文件名)
2. 区分对接双方的是TER，在整个PDB文件结束后也要有个TER，除此之外就不要再有TER了，即便是两条独立的肽链之间也不能有TER。这与一般的PDB文件是不同的，在一般的PDB文件中，TER只是用来隔离不同的肽链。如果把TER弄错了，计算中就会出错。extractChains.pl也可以解决TER的问题。
3. 如果需要的话，用Swiss PDB viewer之类的软件调整一下对接双方的位置。
4. 最后一点，rosetta用的PDB文件名称必须是四个字符组成的，也就是标准的PDB code的形式。如果使用了不符合要求的文件名的话，可能会产生出一些路径方面的错误，这种错误往往很难溯源。
2008-02-23
LIBERTAD DE EXPRESION
1968年，墨西哥政府把奥运会当作形象工程，为了举办墨西哥城奥运会，倾举国之力涂脂抹粉，漠视民生压制言论于是在奥运会前，有了这幅“LIBERTAD DE EXPRESION”的海报。
40年过去了，墨西哥并没有因为举办了一届奥运会而成为一个发达的国家，仙人掌之国依然是一个生存在超级大国影子里的廉价商品出产地，非法移民输出国和毒品运输通道。
假奥运之名行不义之事绝不会让一个病态的国家走向成功，四十年前如是，四十年后依然如是。
2008-01-15
内部刊物依然非法
告不倒的非法出版物真的告不倒！
在1月7日上午，重庆市文化执法大队的同志给我打来电话核实非法刊物《中国狩猎杂志》的细节之后，关于这份杂志的事情便了无声息石沉大海了。
昨晚，我惊奇地发现，《中国狩猎杂志》的网站悄然发生了变化，在杂志介绍页面增加了这样的话：
“《中国狩猎》为重庆精英狩猎俱乐部内部会刊，不对外发售，仅供中国狩猎论坛(www.chinahunts.com)正式会员和俱乐部会员阅读（非会员订阅杂志后即可升级论坛正式会员）。”
这瓜娃子看来想靠顶上一个“内部会刊”的帽子来回避非法出版的问题。但非法出版物带上内部刊物的帽子，也还是非法出版物。
中华人民共和国新闻出版署颁布实施的《内部资料性出版物管理办法》对内部出版物有明确的管理规定：
“第四条 委托印刷内部资料性出版物，应当向所在地省、自治区、直辖市新闻出版局提出申请，申请书应当注明编印目的、内容、发送对象、印张数、印刷期数、册数、开本等，经审核批准，领取《准印证》后，方可从事委印活动。
第五条 内部资料性出版物不得使用"××报"、"××刊"或"××杂志"等字样，必须注明"内部资料，免费交流"。印刷时，应在明显位置完整地印出"内部资料准印证"编号，不得省略或假冒、伪造。内部资料性出版物所设的有关机构，不具有法人资格。
第六条 内部资料性出版物严格限定在本系统、本行业、本单位内部交流，不得收取任何费用，不得刊登广告，不得在社会上征订发行，不得传播到境外，不得拉赞助或搞有偿经营性活动，不得用《准印证》出版其他出版物，不得与外单位以"协办"之类形式进行印刷发行等。
第十条 《准印证》按一种内部资料一证的原则核发，其中委印单位对以成册形式印制的内部资料，一次性使用有效；连续性散页、折页内部资料的《准印证》有效期为6个月，期满须重新核发。委印和承印单位应当严格按《准印证》核准项目印制，严禁擅自更改《准印证》核准项目。”
根据这份法规，每一期《中国狩猎杂志》都必须向省一级主管部门申请一份单独的内部刊物准印证，准印证在哪呢？
根据这份法规，所有内部刊物都必须内部发行，不收取费用，不在社会上征订发行。 这显然违反了这一条法规。
我会第三次举报，看看重庆方面到底会如何查处这份非法出版物！
