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  • rosetta的PDB文件

    2008-04-10 | Tag：分子模拟 蛋白质对接

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    $rosetta_scripts/pdb_scripts是一个处理PDB文件的脚本，可以用来生成rosetta需要的PDB文件结构。pdb_scripts.README是使用说明。

       1. 较大的蛋白要放在PDB文件的前部，这是因为在计算中Rosetta只会移动第二个蛋白，而第一个蛋白是固定不动的，把大的蛋白放在前面就可以节省计算时间。extractChains.pl这个脚本就可以做这件事。extractChains.pl A(链编号) 1brs.pdb(pdb文件名)

       2. 区分对接双方的是TER，在整个PDB文件结束后也要有个TER，除此之外就不要再有TER了，即便是两条独立的肽链之间也不能有TER。这与一般的PDB文件是不同的，在一般的PDB文件中，TER只是用来隔离不同的肽链。如果把TER弄错了，计算中就会出错。extractChains.pl也可以解决TER的问题。

       3. 如果需要的话，用Swiss PDB viewer之类的软件调整一下对接双方的位置。

       4. 最后一点，rosetta用的PDB文件名称必须是四个字符组成的，也就是标准的PDB code的形式。如果使用了不符合要求的文件名的话，可能会产生出一些路径方面的错误，这种错误往往很难溯源。

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